1

Тема: Protege и большие онтологии

Попытался открыть в Протеже онтологию 54 Мб, протеже 4.02 подвис и не захотел никак реагировать. На компьютере 4 ГБ ОЗУ (половина памяти точно свободна), система Linux. Можно ли, что-то сделать, чтобы все таки онтологию просмотреть в протеже? А то в текстовом редакторе вообще не возможно работать с содержимым онтологии (тормозит страшно, хотя процессор мощный Intel Core2Duo)

2

Re: Protege и большие онтологии

В run.sh должна быть строка навроде

java ${CMD_OPTIONS} -Xmx2000M

Ключ -Xmx определяет максимально выделяемую память виртмашины. Его можно увеличить, чтобы "отъесть" 3000M из наличествующих 4000M

Но например Наталия Кеберле для работы с онтологиями NCI (56Мб и больше) логинилась на мою машину с 16Гб. Так что читайте http://semanticfuture.net/index.php?tit … %D0%B0_LOD и думайте, как растрясти начальство на комплектующие wink

3

Re: Protege и большие онтологии

Спасибо, помогло )) Единственно, почему то подтормаживает. Выделил три гига оперативки. выгрузил с памяти все лишнее.  НО в текстовом редакторе было еще хуже )) Теперь надо еще решиться запустить резонер с простым запросом, может к утру разрешиться

4

Re: Protege и большие онтологии

Ganimede пишет:

Спасибо, помогло )) Единственно, почему то подтормаживает. Выделил три гига оперативки. выгрузил с памяти все лишнее.  НО в текстовом редакторе было еще хуже )) Теперь надо еще решиться запустить резонер с простым запросом, может к утру разрешиться

Ну да, всегда есть ctrl+alt+del...
Авторы NCI для последних своих версий рекомендуют ( если смотреть её локально) 7 Гб Протеже отдать сразу -  >3млн триплов. На ризонинг никаких советов нет. Но лучше (!) работать с командной строкой ризонера, с ключами для выполнения проверки satisfiability/consistency.

Thumbs up Thumbs down

5

Re: Protege и большие онтологии

То есть вы хотите сказать, что протеже сможет открыть NCI онтологию и сможет работать имея в расположении 7 гиг памяти это что получается 56 мб онтологии разворачивается в 7гб памяти? Не много ли? 
доставить в комп пару планок оперативки то можно, но это всего 8гб. А как же с ней работать, если для просмотра нужно так много? ужс

6

Re: Protege и большие онтологии

Ganimede пишет:

А как же с ней работать, если для просмотра нужно так много? ужс

Мы начинаем в иструментальные машины ставить 64 или 96 Gb ставить, в зависимости от числа каналов (по 32Gb на канал). Кластеры строятся разные, но суммарная память тоже выходит очень большой. Машины не для Протеже, конечно, но и простой ризонинг потянут wink

Одно радует --- диски подросли в размерах: в типовые 6 SATA-слотов монтируются 6*1.5=9Tb, в 24 отсека типичного внешнего массива --- 18*1.5=27Tb.